Marilena Chaui, filha da professora Laura de Souza Chaui e do jornalista Nicolau Alberto Chaui, fez o curso de graduação de Filosofia na Universidade de SãoPaulo (USP), onde também fez o curso de pós-graduação e, em 1967, defendeu seu mestrado sobre a filosofia de Maurice Merleau-Ponty. Iniciou, em 1967-1969, na França, seu doutorado sobre a filosofia de Espinosa e veio a defendê-lo em 1971, também na USP, onde, em 1977, defendeu sua tese de livre-docência sobre Espinosa e, em 1987, fez o concurso e recebeu o título de Professora Titular de Filosofia. É professora sênior da Faculdade de Filosofia, Letras e Ciências Humanas da USP. Desde 1967, leciona no Departamento de Filosofia da USP e, desde 1972, orienta teses de mestrado e doutorado. Coordena o Grupo de Pesquisa de Estudos Espinosa nos e o Grupo de Pesquisa de Filosofia Política Contemporânea.
Membro fundador do Centro de Estudos de Cultura Contemporânea (CEDEC)e da revista Lua Nova.
Membro fundador da Comissão Teotônio Vilela de Defesa de Direitos dos Encarcerados em Instituições Totais.
Membro fundador da Comissão Tortura Nunca Mais.
Membro fundador do Partido dos Trabalhadores. Foi dirigente no Diretório Municipal de São Paulo e do Núcleo do Ibirapuera. Foi membro fundador da revista Desvios (com Eder Sader e Marco AurélioGarcia). É membro do conselho diretor da Fundação Perseu Abramo. Foi Secretaria Municipal de Cultura de São Paulo de 1989 a 1992 (durante o governo de Luiza Erundina). Foi membro do Conselho Nacional de Educação de 2002 a 2006 (durante o primeiro governo Lula).
Recebeu cinco prêmios Jabuti por suas obras.