L'application limitée de l'approche des systèmes d'innovation au développement agricole conduit à une fragmentation des politiques et des programmes en matière de biotechnologie, dont les effets sur les petits exploitants agricoles africains sont indéterminés. Par exemple, la plupart des initiatives de recherche et développement en biotechnologie agricole au Kenya sont menées dans un secteur public de la recherche souffrant d'un manque de financement, seules quelques initiatives étant menées dans le cadre de partenariats public-privé financés par des donateurs. Ces projets sont toutefois influencés par les intérêts de certains acteurs, institutions et organisations qui ne sont pas nécessairement guidés par les réalités locales. La commercialisation des entreprises agricoles grâce à l'apprentissage interactif et au partage des connaissances peut créer une dynamique favorable à l'utilisation des technologies. Il existe donc un potentiel pour les systèmes d'innovation participatifs et open source, qui reposent sur des méthodes participatives et communautaires de développement technologique et d'apprentissage. Il s'agit là d'une solution clé au problème de l'introduction des biotechnologies agricoles dans des systèmes largement défaillants, afin de donner la priorité aux besoins, aux capacités et aux préférences des petits exploitants agricoles, indépendamment des types ou des caractéristiques des technologies.