L'Académie des Magelames de Midgar, réputée pour sa tranquillité, est menacée par une étrange brume qui s'abat sur le campus. Depuis lors, des événements inexpliqués se produisent, et des étudiants disparaissent les uns après les autres. Claire, la soeur de Cid, demeure introuvable pendant plusieurs jours, jusqu'au moment où elle réapparaît au beau milieu d'une salle de classe !
Shadow surveille les lieux nuit et jour, mais la vie étudiante le rattrape, ce qui le contraint à maintenir ses résultats dans la moyenne pour réussir les examens. Il missionne Zeta, l'une des Sept Ombres, pour enquêter.
Claire, quant à elle, est bien déterminée à comprendre ce qui lui est arrivé. Et c'est en la personne d'Alexia, la princesse de Midgar, qu'elle trouve une alliée.
Un cercle magique mystérieux, des documents écrits dans une langue ancienne, l'intrusion d'individus suspects... Voilà de nombreux indices qui pourraient mener Shadow Garden à l'Ordre de Diabolos et ses noirs desseins...