1940. Itàlia està en guerra. Salvatore Todaro comanda el submarí Cappellini, navegant per les aigües de l'Atlàntic. Un vaixell enemic és a la vista. El comandant fa el que ha de fer: l'enfonsa. Aleshores, desobeint ordres superiors però respectant la llei del mar, en rescata els supervivents i els salva la vida.

Aquesta és la història del que va passar a bord del submergible, un espai atapeït, ple d'esperança i solidaritat, de baralles i d'àpats reconfortants. Comandant és també un crit atemporal d'indignació contra la barbàrie de tot conflicte bèl·lic, i la reivindicació de qui està disposat a fer prevaldre, malgrat tot, els valors humanitaris.