Jahrgang 1953, besuchte Werner J. Patzelt zwischen 1963 und 1972 das humanistische Gymnasium Leopoldinum in Passau. Danach leistete er zwei Jahre Dienst bei der Bundeswehr; später wurde er bis zum Major der Reserve befördert. Nach dem Ende des Kalten Krieges beendete er sein militärisches Engagement.
Ab 1974 studierte er Politikwissenschaft, Soziologie und Geschichte an der Universität München, an der Universität Straßburg sowie an der University of Michigan in Ann Arbor. 1980 beendete er sein Studium als Magister Artium (M.A.) an der Universität München. Danach arbeitete er als wissenschaftlicher Mitarbeiter an der Universität Passau, wo er 1984 mit einer Arbeit über "Grundlagen der Ethnomethodologie. Theorie, Empirie und politikwissenschaftlicher Nutzen einer Soziologie des Alltags" zum Dr. phil. promoviert wurde. Nach sechsjähriger Zeit als wissenschaftlicher Assistent habilitierte er sich 1990 mit einer Schrift über "Abgeordnete und Repräsentation. Amtsverständnis und Wahlkreisarbeit" an der Universität Passau. Beide Bücher wurden mit Preisen ausgezeichnet.
In der Folgezeit lehrte er als Gastprofessor an der Universität Salzburg (1990) und an der Technischen Universität Dresden (1991). Dort wurde er im Folgejahr zum Gründungsprofessor des Instituts für Politikwissenschaft bestellt und übernahm eiin Jahr später, nach ordentlichem Berufungsverfahren, den Lehrstuhl für Politische Systeme und Systemvergleich. Einen Ruf nach Münster lehnte er im Jahr 2000 ab. Im März 2019 wurde er emeritiert. 2021/22 ging er als Senior Research Fellow ans Deutsch-Ungarische Institut des Mathias Corvinus Collegium (MCC) in Budapest. Seit September 2023 ist er hauptamtlicher Forschungsdirektor des MCC Brüssel, einer mit europapolitischen Themen befassten Denkfabrik.
Während seiner Dresdner Universitätszeit lehrte er u.a. an der École Pratique des Hautes Études in Paris, an der High School of Economics in Moskau sowie auf Sommerschulen der International Political Science Association (IPSA) in Stellenbosch, Ankara, Antalya, Mexico City und St. Petersburg. Von 2009-2015 war er gewähltes Mitglied des Executive Committee (EC) der IPSA, später bis 2021 als "Summer School Coordinator" ernanntes Mitglied des IPSA-EC.
Seit 1994 CDU-Mitglied, zuvor parteilos, pflegt er im Rahmen seiner wissenschaftlichen Arbeit den Austausch mit Vertretern des gesamten politischen Spektrums, und zwar von der einstigen PDS bis zur AfD. Ferner betätigt er sich als Kommentator und Analytiker des aktuellen politischen Geschehens in Presse, Hörfunk und Fernsehen. Seine Veröffentlichungen umfassen u.a. elf Bücher zur Parlamentarismusforschung, drei Lehrbücher zur Politikwissenschaft und sozialwissenschaftlichen Methodenlehre, vier Bände zur deutschen Migrationspolitik, Demokratiepolitik, Parteipolitik und politischen Bildung sowie eine Monographie über Ungarn.
Ansonsten war Patzelt Mitbegründer und musikalischer Leiter der Angather Chor- und Instrumentalwoche (1978-2002), der Schmochtitzer Chor- und Instrumentalwoche (2003-) sowie der zwischen 1997 und 2022 stattfindenden "Dresdner Chorwochenenden". Zudem macht er Kammermusik als Cellist. Von 2013-2023 war er Vorsitzender des Förderforums der Staatsoperette Dresden. Außerdem ist er u.a. Mitglied des Sächsischen Kultursenats, der "Kommission für Geschichte des Parlamentarismus und der politischen Parteien", der Redaktion der der "Zeitschrift für Parlamentsfragen" sowie Vorsitzender des Wissenschaftlichen Beirats des "Deutschen Instituts für Sachunmittelbare Demokratie".