En este estudio, se analizó y modelizó la secuencia de la proteína de cubierta para explorar las propiedades y la estructura del virus de la rizadura de la hoja del papayo, el virus del mosaico del papayo y el virus de la mancha anular del papayo-P & W. Dado que no se dispone de información estructural para la mayoría de las secuencias de proteínas disponibles en el Banco de Datos de Proteínas, los métodos computacionales para la predicción de la estructura de las proteínas han sido de gran interés en los últimos años. Se calcularon las propiedades fisicoquímicas de la proteína estudiada. Para las cuatro cepas del virus de la papaya se hallaron el valor de la media general de la hidropatía (GRAVY), el pI, el coeficiente de extinción, el índice alifático y el índice de inestabilidad. Esto ayuda a que la proteína tenga una mejor interacción con el agua. El modelado de homología se realizó con las herramientas PHYRE2, ModWeband Swiss Model. El modelo se validó con la herramienta de software PROSESS, que dio como resultado el diagrama de Ramachandran para la cepa del virus de la papaya. El estudio puede ayudar a comprender la función de la proteína, el número y los tipos de epítopos, las porciones inmunogénicas y la idoneidad para la producción de anticuerpos, los estudios taxonómicos, los estudios de evaluación y el diagnóstico de virus.